Поэкспериментировав в Сибелиусе нашел выход.
Есть следующий способ: создать "куклу" для аккордов и нот, которые видимы, но не звучат, а проигрываемые ноты, где заложены реальные звуки семплов, скрыть.
Результата можно добиться, используя послойное введение нот. Например на первом слое располагаем ноты, которые будут звучать. Далее щелкаем на них правой кнопкой мыши, и из развернувшегося меню выбираем "скрыть/показать", нажимаем левую кнопку мыши. Ноты становятся светло-серыми, слегка заметными.
Следующим слоем создаем аккорды и ставим ноты так, как они должны отображаться на партитуре. Выделяем ноту или аккорд, и снова нажимаем правую кнопку мыши, выбираем самую нижнюю строку "Окно свойств". В раскрывшемся окне, выделяем галочкой "живая громкость", и ставим ее значение 0. "Кукла" готова.
В результате данных действий получаем нужный результат - звучит то что надо при правильном отображении нот.
P.S. Для того, чтобы внедрить семплы в Сибелиус следует ознакомиться с
http://nephelemusic.ru/forum/viewtopic.php?f=5&t=10937&p=67824#p67824 , где доступно объясняется, как это сделать. Сами семплы и программы можно скачать с
http://rutracker.org